כמו בכל הליך רפואי, גם פילינג כרוך בסיכונים מסוימים ויש לו התוויות נגד. אין לבצע פילינג כימי במקרה של הפרעות בריפוי פצעים, זיהום פעיל בהרפס, הריון, טיפול אוראלי בתכשירים המכילים חומצה רטינואית (ויטמין A) או לאחר ניתוח קוסמטי שבוצע לאחרונה.
באופן כללי, העור מחלים היטב לאחר הפילינג. עם זאת, במקרים נדירים מאוד, עלולות להופיע דלקות או שינויים בפיגמנטציה, אותם יש לטפל בהתאם.